Les retours d'expériences de la première procédure d'accréditation ont montré que le dossier patient a fait l'objet du plus grand nombre de réserves et de recommandations. Outil essentiel d'une prise en charge coordonnée du patient, il suscite de nombreuses  réflexions visant à le rendre plus opérationnel.
L'Agence Régionale de l'Hospitalisation de Franche-Comté a initié une action pilote pour l'élaboration d'un dossier minimum commun partagé régional informatisé et le dossier patient est un des thèmes retenus par le Groupement de Coopération Sanitaire franc-comtois EMOSIST.
Les guides réalisés par le RéQua, entre 2001 et 2004 ont permis de répondre aux préoccupations prioritaires des professionnels : comment répondre à une demande de dossier du patient, élaborer et mettre en œuvre une politique du dossier patient et sécuriser les prescriptions médicales.

Quand et comment organiser l'informatisation du dossier patient ? Quels sont les pré-requis, les facteurs de réussite et les écueils à éviter ?
Que doit-on garder parmi les différentes pièces qui constituent le dossier ?
Quelle est la procédure de communication du dossier en cas de saisine de la Commission Régionale de Conciliation & d'Indemnisation ?
Comment mettre en place un audit général du dossier ou un audit ciblé sur les prescriptions médicales ?

Partenariat avec le GCS EMOSIST pour la partie organisationnelle de l'informatisation du dossier.
Diffusion d'un tableau récapitulatif des obligations en matière d'archivage des différentes pièces du dossier patient.
Actualisation du guide «Comment répondre à une demande de dossier patient ?».
Aide à la mise en place d'un audit  général du dossier ou d'audits ciblés sur les prescriptions.

Les travaux aboutis en réponse aux préoccupations des établissements :  
     - L'organisation de l'accès direct du patient à son dossier, suite à la loi du 4 Mars 2002 : le guide méthodologique rédigé à partir des réponses apportées lors d'une journée régionale à laquelle des représentants du Ministère ont été invités, a facilité l'élaboration des procédures propres à chaque établissement
     - La définition et la mise en oeuvre d'une politique institutionnelle du dossier en vue de l'accréditation : le retour d'expérience des établissements ayant satisfait à la première procédure a servi de base de travail pour la rédaction d'un guide méthodologique à destination des directeurs, présidents de CME et directeurs des soins 
     - La conformité aux règles de rédaction des prescriptions en tant que pratique pérenne : la réflexion du groupe régional a été finalisée dans un guide stratégique d'aide à la sécurisation de l'ensemble du processus lié aux prescriptions, de leur rédaction à l'enregistrement de leur exécution.